Fără îndoială, tratatele internaționale de la Paris din 1856 și de la Berlin din 1878 au pus capăt situației problematice care ținea sub robie atât Patriarhia Ierusalimului, cât și obștea aghiotafită. Tot clerul ortodox trebuia să se afle într-o continuă stare de veghe, ducând o luptă pe multe fronturi împotriva celor care, fără vreun drept, revendicau locurile de închinare. Această luptă pe multe fronturi era exprimată în mai multe feluri: prin deplasarea în țări ortodoxe îndepărtate, pentru orice sprijin material sau moral, prin împiedicarea publicării și aplicării dispozițiilor sultanilor binevoitoare față de latini și armeni, precum și urmărirea publicării dispozițiilor favorabile ortodocșilor. În plan personal, întâmpinau pericolul de a deveni victime ale atacurilor ostile. Așadar, eliberarea Patriarhiei de sub tensiunea pricinuită de problema locurilor de închinare, i-a dat posibilitatea de a se ocupa de alte probleme foarte serioase. După moartea neașteptată a lui Ierotei, a fost ales patriarh Arhimandritul Fotie (1882) pe care Înalta Poartă nu l-a acceptat și a cerut noi alegeri.

Sfântul Sinod l-a ales ca nou patriarh pe Nicodim, cel care fusese până atunci reprezentant al Sfântului Mormânt în Rusia. Activitatea lui a fost admirabilă, atât în ceea ce privește impunerea unei rânduieli în cadru obștii aghitafite, cât și în ceea ce privește paza sfintelor lăcașuri de închinare. S-a îngrijit de buna funcționare a școlilor publice, a Școlii teologice a Cinstitei Cruci, de înregistrarea tuturor codicilor valoroși care se aflau în biblioteca Mănăstirii Cinstitei Cruci și în Lavra Sfântului Sava și mutarea lor în biblioteca Sfintei Comunități. În ciuda tuturor strădaniilor sale de a păzi drepturile ortodocșilor asupra sfintelor lăcașuri, a fost acuzat că a dus obștea aghiotafită la o stare de impas economic. După ca a avut loc o tentativă nereușită de a fi ucis, el însuși a renunțat la tron de bună-voie.

După abdicarea lui, a fost ales patriarh Gherasim (1891-1897) care a arătat deosebită râvnă și spirit de luptă. Pe lângă problema economică foarte acută, a avut de întâmpinat și controversata problemă a sfintelor lăcașuri pe care au creat-o mai întâi latinii, iar apoi armenii, în biserica din Betleem, cu privire la trecerea preotului ortodox prin poarta de nord a sfintei Peșteri, cu privire la împărțirea anaforei și la alte chestiuni asemănătoare. S-a îngrijit de dezvoltarea și îmbunătățirea educației, reînființând Școala teologică a Cinstitei Cruci, cu ajutorul ecleziarhului Eftimie.

Patriarhul Gherasim a fost urmat de Arhiepiscopul Damian al Filadelfiei (1897-1931). Perioada patriarhatului său a fost plină de evenimente și lupte stârnite atât de factori externi, cât și de unele dezacorduri din interiorul obștii aghiotafite. Puterea lui de a-i înfrunta pe heterodocși, abilitatea lui politică și stăruința lui au ajutat la menținerea drepturilor neamului asupra lăcașurilor de închinare. De asemenea, s-a îngrijit de restaurarea bisericilor, școlilor, spitalelor și a altor instituții de binefacere.

La aproximativ patru ani de la moartea lui Damian, a fost ales patriarh a Ierusalimului Timotei, care fusese până atunci Arhiepiscop al Iordanului (1935-1955), ierarh învățat și vrednic om de litere. Diplomația și adânca sa cunoaștere cu privire la problemele Patriarhiei l-au făcut să desfășoare o activitate bogată. A realizat construcții, a restaurat marea bazilică de pe Muntele Măslinilor, a contribuit la restaurarea Mănăstirii istorice a Sfântului Sava și a așezat o nouă presă în tipografia Patriarhiei. În general, a fost un dârz apărător al locurilor de închinare.

Pe Timotei l-a urmat Benedict(1957-1980), fostul Arhiepiscop al Tiberiadei, care, de-a lungul îndelungatului său patriarhat, a înfruntat cu succes situația tulbure de atunci, care amenința privilegiile Patriarhiei și poziția Ortodocșilor în Țara Sfântă. Astfel, intervenind personal înaintea împăratului Iordaniei, a reușit, în 1958, să publice o lege prin care se recunoștea dreptul de proprietate al obștii aghiotafite și asigurarea averilor Patriarhiei. În același timp, s-a ocupat de administrația internă a Patriarhiei și a contribuit la păstrarea lăcașurilor de închinare.

Benedict a fost urmat la tron de Diodor (1981-2000), fostul Arhiepiscop al Ierapoei. Acesta, încă de la început s-a dedicat lucrării de construcție și înnoire a bisericilor și a altor edificii, precum și lucrării de valorificare a averii Patriarhiei. A contribuit la acoperirea Bisericii Învierii din Betleem și la continuarea lucrărilor de restaurare a Bisericii Învierii.

Pe drumul central care leagă Ierusalimul de Betleem se află mănăstirea Proorocului Ilie. Unele tradiții pretind că aici este locul în care Proorocul Ilie s-a ascuns de mânia Izabelei, dar, conform altora, este locul în care Magii au văzut din nou steaua Nașterii, după întâlnirea cu împăratul Irod în Ierusalim. De asemenea se spune că este locul în care Maica Domnului și Iosif s-au oprit să se odihnească în drumul lor către Betleem. Locul se numește „Chatisma”. Aici a fost zidită o biserică și o mănăstire în secolul V.